Los órganos de Gobierno del ISFAS O.A. son, el Consejo Rector y la Junta de Gobierno.
La Gerencia del ISFAS es el órgano encargado de desarrollar y ejecutar los planes de actuación establecidos por sus órganos de Gobierno, en la que estarán integradas la Subdirección de Prestaciones y la Subdirección Económico Financiera. La titularidad de la Gerencia del ISFAS corresponde al Secretario General Gerente.
El Secretario General Gerente del ISFAS es el órgano directivo al que corresponde la dirección, gestión e inspección del Instituto, ejerciendo como tal la jefatura de los servicios administrativos y técnicos.
Secretario General Gerente: D. José Javier Rodrigo de Azpiazu
Subdirectora de Prestaciones: D.ª Ana Betegón Sanz
Subdirector Económico-Financiero: D. José Ramón Alfaro García-Alfonso
La estructura territorial está conformada por 20 delegaciones especiales, una por cada CCAA y las ciudades de Ceuta y Melilla, así como Granada, para las provincias de Andalucía oriental. Esta red se complementa con 46 delegaciones establecidas en las capitales de provincia.
El ISFAS dispone de dos centros residenciales, el centro residencial “Capitán General Gutiérrez Mellado”, en Benidorm y la residencia “Jorge Juan” en Alicante.>
El Instituto Social de las Fuerzas Armadas dispone del Centro Especial del ISFAS (CEISFAS), situado en la carretera de Venta la Rubia s/n., Madrid. Es un centro ocupacional para personas con discapacidad intelectual que requieran una atención especializada.