El ISFAS es un Organismo Autónomo adscrito al Ministerio de Defensa e integrado en su Subsecretaría, que posee personalidad jurídica pública diferenciada, patrimonio y tesorería propios, así como autonomía de gestión.
Tiene a su cargo la gestión del Régimen Especial de Seguridad Social de las Fuerzas Armadas, la Guardia Civil, el personal estatutario del CNI y el personal civil de cuerpos adscritos al Ministerio de Defensa con excepción de las pensiones de jubilación, invalidez, muerte y supervivencia que corresponden al Régimen de Clases Pasivas. (*)
(*) Los funcionarios públicos y personal de nuevo ingreso a partir del 1 de enero de 2011 quedan incluidos en el Régimen General de la Seguridad Social a los efectos exclusivos de lo dispuesto en el Texto Refundido de la Ley de Clases Pasivas del Estado y en sus disposiciones de desarrollo según lo dispuesto en el artículo 20 y en la Disposición transitoria cuarta del Real Decreto- ley 13/2010, de 3 de diciembre.