Firmado el 16 de febrero de 2001, el Convenio Específico para la Conservación del Medio Natural y Gestión de los Recursos Naturales tiene por objeto apoyar la conservación del medio natural mediante trabajos forestales, repoblaciones y redacción de planes contra incendios forestales.

Se contemplan las siguientes líneas de actuación:

• Gestión sostenible de Recursos Naturales y la Biodiversidad.
• Inventario, ordenación y tratamiento de masas vegetales y biotopos.
• Realización de plantaciones ornamentales y mejora paisajística.
   

En el marco de este convenio se reforestaron terrenos del Ministerio de Defensa, con algo más de 3 millones de árboles, en las dependencias militares.

Se llevaron a cabo actuaciones de protección del medio natural contra incendios forestales, como construcción de cortafuegos, y pistas forestales, construcción puntos de agua, etc.

El Convenio Específico en Materia de Calidad y Evaluación Ambiental en las Instalaciones Militares, firmado el 16 de febrero de 2001, tiene como objetivo la mejora de la Calidad Ambiental, incluyendo la caracterización de suelos, sellado de vertederos y construcción de puntos limpios.

Por ello se han definido las siguientes líneas de actuación:

• Asesoría en Sistemas de Gestión Ambiental y evaluación de impactos ambientales.
• Gestión de residuos y Control de vertidos.
• Prevención/lucha contra emisiones a la atmósfera, agua o suelo.
• Descontaminación de suelos.
• Programas de formación para las Fuerzas Armadas.
• Convenios Internacionales que afecten al Ministerio de Defensa (MARPOL, etc.).
• Mejora de la Calidad Ambiental.

Con el objetivo de mejorar la gestión de los residuos generados por el Ejército, se han construido puntos limpios para realizar la recogida separada de residuos para su entrega a gestor autorizado para su posterior reciclado, reutilización o eliminación, la construcción de estercoleros donde almacenar el estiércol generado en los Centros Militares de Cría Caballar y el sellado de vertederos y restauración posterior del espacio que ocupaban.

Desde el año 2000, un equipo de investigación de la Estación Biológica de Doñana, del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) viene realizando una amplia investigación de la población de alimoche canario o “guirre” (Neophron percnopterus subsp. majorensis), gracias a distintos convenios de colaboración en los que intervienen tanto el Ministerio de Defensa como el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico, el Gobierno de Canarias y los Cabildos de Fuerteventura y Lanzarote.

Dentro del Campo de Maniobras y Tiro de Pájara (Fuerteventura) se conoce la presencia de tres parejas reproductoras de guirre, que anidan en las zonas de “Vigocho”, “Pájara” y “Amanay”, cuyo seguimiento realizan los técnicos del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.

Desde el año 2010 el Ministerio de Defensa y la Junta de Andalucía colaboran en el desarrollo de programas de actuación para la conservación del águila imperial en el Centro Militar de Cría Caballar de Jerez de la Frontera, a través de la firma de diversos convenios de colaboración, el último de los cuales se ha firmado en 2017.

El águila imperial ibérica (Aquila adalberti) figura como especie en peligro de extinción en el Real Decreto 139/2011, de 4 de febrero, por el que se desarrolla el listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial y el Catálogo Español de Especies Amenazadas.

Los terrenos que en los que se ubica el Centro de Cría Caballar de Jerez de la Frontera (Cádiz), que incluye el Cortijo de Vicos, Garrapilos y las Marismillas, por su ubicación, características ecológicas y protección, reúnen excelentes condiciones para la conservación del águila Imperial, que utiliza estos territorios como zona de campeo.

El 9 de marzo de 2017, se suscribió el Convenio de colaboración entre el Ministerio de Defensa y la Consejería de Sostenibilidad y Medio Ambiente de la Junta de Andalucía, para el desarrollo de programas de actuación para la conservación del camaleón en el Acuartelamiento de Camposoto y la Base Naval de Rota (Cádiz), continuando de esta forma la colaboración entre ambos organismos, que se inició en el año 2010.

Actualmente, los hábitats costeros andaluces albergan las únicas poblaciones que existen en España de este reptil, catalogada como especie silvestre en régimen de protección especial.

El convenio de colaboración tiene como objetivo facilitar el uso de los terrenos de la Base Naval de Rota y el Acuartelamiento de Camposoto para mejorar el hábitat de esta especie, ya que reúnen excelentes características naturales, especialmente adecuadas y conservadas para el desarrollo de programas de actuaciones que favorezcan la conservación de esta especie.

En las Islas Chafarinas, tanto el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), como otros organismos, llevan habitualmente a cabo diversos proyectos de investigación:

• El Centro de Estudios Avanzados de Blanes - CEAB-CSIC lleva a cabo el proyecto “Conservación de la gorgonia Ellisela paraplexauroides en el Mediterráneo: Una singular reliquia del pleistoceno”. 
• La Universidad de Granada el «Estudio de las comunidades submarinas de las Islas Chafarinas». 
• El CSIC el «Proyecto-Ecología, dinámica poblacional y estado de conservación de culebrilla mora (Trogonophis wiegmanni) en Islas Chafarinas».

El Centro de Estudios Ambientales del Ayto. de Vitoria ha inventariado y catalogado diferentes especies, para el Programa de Conservación de Orquídeas, en el Campo de Maniobras y Tiro de Araca.

En 2014 se llevó a cabo la obra de Proyecto de Corrección de Tendidos Eléctricos Peligrosos para la Fauna en Terrenos del Ministerio de Defensa de la Base Naval de la Algameca en Cartagena (Murcia), en el marco del “Convenio específico de colaboración entre el Ministerio de Medio ambiente y el Ministerio de Defensa para la conservación del medio natural y gestión de los recursos naturales en las instalaciones militares” suscrito el 15 de febrero de 2001.

Los terrenos de la Base Naval se encuentran dentro los límites de un área prioritaria de reproducción, alimentación, dispersión y concentración local de especies de aves incluidas en el Catálogo Español de Especies Amenazadas de la ZEPA (Zona de Especial Protección para las Aves) de La Muela y Cabo Tiñoso.

Las actuaciones fundamentales consisten en la eliminación de apoyos obsoletos y la corrección de los tendidos eléctricos mediante elementos antielectrocución y anticolisión.

En el Campo de Adiestramiento de la Armada de la Sierra de El Retín se viene desarrollando, desde el año 2004, la parte fundamental del “Proyecto Eremita” consistente en el estudio y puesta en práctica de diferentes métodos de liberación del Ibis eremita (Geronticus eremita) en la comarca de la Janda (Cádiz). El Ibis eremita figura en la Lista Roja de especies amenazadas, elaborada por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, en la categoría “en peligro crítico de extinción”.

En julio de 2003 se reúne el grupo internacional de expertos (IAGNBI) en Innsbruck, Austria, para establecer las prioridades en materia de conservación de la especie. Comprobada la idoneidad de la comarca de La Janda, se procedió, a través de la colaboración con el Ministerio de Defensa, a la construcción de los aviarios, en el Campo de Adiestramiento de la Armada española en la Sierra de El Retín. Después se trasladaron las aves, procedentes principalmente del Zoo Botánico de Jerez, a fin de conseguir su rápida aclimatación. Tras varios años de trabajo, en 2008 una pareja de Ibis eremita se reprodujo en El Retín. En 2009, por segundo año consecutivo, 2 parejas de esta especie comenzaron a reproducirse en libertad en la Península Ibérica, después de 500 años de ausencia. En 2024 se ha logrado ya consolidar una población sedentaria de cerca de 300 individuos en la provincia de Cádiz y 37 parejas reproductoras.

Desde el año 2018, personal del Ministerio de Defensa del Campo de Adiestramiento Sierra del Retín, Barbate (Cádiz), participa junto con otras instituciones y voluntarios en la Campaña “SOS Chorlitejo patinegro”, organizada por la Agrupación de Voluntarios Ambientales Trafalgar.

El chorlitejo patinegro (Charadrius alexandrinus) es una especie propia de ecosistemas acuáticos catalogada como “vulnerable”. Mediante esta campaña, se pretende garantizar la reproducción de esta especie protegida limpiando las dunas de plásticos y otros elementos no naturales, balizando las zonas de anidamiento y realizando labores de vigilancia y observación.

La cima del Puig Major y su vía de acceso es terreno militar desde finales de los años cincuenta y alberga al Escuadrón de Vigilancia Aérea nº7, dedicado a la misión de la vigilancia del espacio aéreo del Mediterráneo occidental.

Su ubicación y sus condiciones de altitud y de suelo, unido a una actividad militar poco impactante y excluyente de otras actividades, han permitido la conservación de especies de flora relicta y de población escasa, a veces la única localización conocida en el mundo o en las Baleares. En el Puig Major se localizan un total de 34 taxones de flora vascular protegida y/o amenazada. 

Las acciones previstas en el Plan de Conservación de la flora vascular amenazada del Puig Major son:

• Proporcionar protección física contra la acción de los herbívoros.
• Control de especies vegetales competidoras.
• Restaurar el hábitat en sectores prioritarios.
• Reforzamiento de las poblaciones de las 12 especies más amenazadas.
• Creación de un área de plantación cerrada en el Puig Major para realizar plantaciones de las especies más amenazadas dentro uno de los cerramientos existentes en la zona militar.
• Evitar la afectación a la flora amenazada en caso de nuevas obras al Puig Mayor.
• Campaña de sensibilización.

El Ejército del Aire y del Espacio firmó un convenio con la Asociación Hippocampus por el que se realiza la limpieza de aquellas instalaciones que se encuentran ubicadas en zonas costeras y otros puntos del litoral español, como por ejemplo la Base Aérea de San Javier, en Murcia. La asociación se nutre de voluntarios captados en unidades del Ejército del Aire y del Espacio, y durante el primer año del convenio se extrajeron más de 6.000 kg de material.