El ITOXDEF realiza el análisis presuntivo y confirmatorio de las drogas de abuso contempladas en la Instrucción Técnica 03/2019 IGESAN por la que se regula el funcionamiento de los laboratorios de análisis de drogas del Ministerio de Defensa. Además, dispone de capacidad y competencia técnica para realizar las determinaciones de etanol en sangre y determinación de drogas en fluido oral asumiendo las funciones y responsabilidades establecidas en la Instrucción Técnica 3/2021 de la Inspección General de Sanidad de la Defensa por la que se regula la toma de muestras y el desarrollo de la analítica de drogas en fluido oral.