Sin perjuicio de las facultades de dirección y coordinación de los Jefes de las Misiones Diplomáticas o de las Representaciones Permanentes, la Agregaduría de Defensa depende orgánica y funcionalmente de la Secretaría General de Política de Defensa, correspondiendo a su Director General el ejercicio de esta competencia.
Conforme a lo establecido en la OM/DEF/783/2007, de 22 de marzo
- Un Agregado de Defensa asistido por una sección económica.
- Un Agregado Militar, un Agregado Naval y un Agregado Aéreo para las funciones específicas relacionadas con el Ejército de Tierra, la Armada y el Ejército del Aire respectivamente.
- Un Agregado Financiero y de Armamento que coopera con la Dirección General de Asuntos Económicos y la Dirección General de Armamento y Material de la Secretaría de Estado de Defensa.
- Oficinas Técnicas de la Misión de la Marina Española (MISMARES) que dependen funcionalmente de la Jefatura del Apoyo Logístico de la Armada.
- Oficinas Técnicas del Ejército del Aire (TLMO) que dependen funcionalmente del Mando del Apoyo Logístico del Ejército del Aire.