Refugio de especies
270 especies, de las que figuran incluidas en el "LISTADO DE ESPECIES SILVESTRES EN REGIMEN DE PROTECCION ESPECIAL" y, en su caso, en el"CATÁLOGO ESPAÑOL DE ESPECIES AMENAZADAS", desarrollados en R.D. 139/2011 (BOE 23/02/2011), utilizan o se refugian en territorios gestionados por el Ministerio de Defensa.
De ellas, 18 están incluidas en el Catalogo Español de Especies amenazadas, con la categoría de en peligro de extinción y 44 con la categoria de vulnerables.
| Categoría | Nombre común | Nombre científico | Dependencia militar en la que se localiza | Observaciones |
| Fauna | Águila imperial ibérica | Aquila adalberti | Cortijo de Vicos, Cortijo Garrapilos (campeo) CMT El Palancar, Base San Pedro (zonas de campeo) |
En peligro de extinción |
| Fauna | Avetoro común | Botaurus stellaris | Cortijo Las Turquillas | En peligro de extinción |
| Fauna | Hubara | Chlamydotis undulata | CMT Pájara CMT Montaña Bermeja |
En peligro de extinción |
| Fauna | Cerceta pardilla | Marmaronetta angustirostris | Cortijo Las Turquillas | En peligro de extinción |
| Fauna | Focha cornuda o moruna | Fulica cristata | Cortijo Las Turquillas (ocasional) | En peligro de extinción |
| Fauna | Halcón tagarote | Falco peregrinus pelegrinoide | CMT Pájara | En peligro de extinción |
| Fauna | Ibis eremita | Geronticus eremita | CMT Sierra del Retín | Amenazado (según UICN) |
| Fauna | Lapa ferruginea | Patela ferruginea | Chafarinas, Peñón de Vélez de La Gomera | En peligro de extinción |
| Fauna | Lince ibérico | Lynx pardinus | CMT Cerro Muriano, El Arenosillo | En peligro de extinción (antes en peligro crítico) |
| Fauna | Malvasía cabeciblanca | Oxyura leucocephala | Cortijo Las Turquillas | En peligro de extinción |
| Fauna | Milano real | Milvus milvus | CMT El Ferral CENAD San Gregorio, Bárdenas Reales |
En peligro de extinción |
| Fauna | Pardela balear | Puffinus mauretanicus | Isla de Cabrera e islotes | En peligro de extinción |
| Fauna | Tortuga mediterránea | Testudo hermanni | CMT Sant Climent de Sescebes | En peligro de extinción |
| Flora | Cabezón de Añavingo | Cheirolophus metlesicsii | CMT Las Cumbres | En peligro de extinción |
| Flora | Cardo de plata | Stemmacantha cynaroides | CMT Las Cumbres | En peligro de extinción |
| Flora | Colino majorero | Crambe sventeni | CMT Pájara | En peligro de extinción |
| Flora | Jaramago de Alborán | Diplotaxis siettiana | Isla de Alborán | En peligro de extinción |
| Flora | Trébol de risco rosado | Dorycnium spectabile | CMT Las Cumbres | En peligro de extinción |