Fauna
El conjunto de dependencias militares presenta una riqueza faunística elevada, dado que incluyen un amplio catálogo de biotopos o hábitats: estepas, malpaises, humedales y cauces fluviales, acantilados costeros y playas, serranías y alta montaña…
Las actividades militares se realizan en una zona núcleo de superficie muy reducida en comparación con el área de seguridad que la rodea, que actúa como zona de amortiguación, y en la cual, a medida que nos alejamos del núcleo, aumenta proporcionalmente el número de especies animales que utilizan el territorio. De esta manera, algunas dependencias militares actúan a modo de reservas de fauna y ofrecen a muchas especies un hábitat con una calidad superior a la del entorno que las circunda.
Linces y lobos
Los campos militares del Arenosillo y Medano del Loro, en Huelva, son una de las áreas fundamentales para facilitar la expansión de los linces de Doñana.
En las estribaciones de Sierra Morena (Córdoba) el Campo de Tiro de Cerro Muriano se encuentra en medio de los Parques Naturales de la Sierra de Hornachuelos y de las Sierras de Montoro y Cardeña, dos territorios en que esta especie vive todavía en relativa seguridad, por lo que el territorio del Campo de Maniobras sirve de zona de paso para unir esos dos núcleos con linces.
Una hembra de lince ibérico, Nectarina, nacida en Ciudad Real, en el año 2016 y que fue capturada, marcada y liberada en Montes de Toledo, se refugia y limita su actividad dentro del Campo militar de los Alijares, en Toledo.
Los lobos se adentran en el campo de Tiro de El Teleno (León), al igual que lo hacen los corzos y jabalíes.
Aves rapaces
El tramo de costa que se extiende desde el oeste de Cartagena hasta el cabo Tiñoso ,en Los Polvorines de la Algameca y Coto Roldán y el Campo de Maniobras “Barranco de los Sánchez” puedan observarse rapaces rupícolas que anidan en los acantilados cercanos, como águila perdicera, águila real o halcón peregrino.
Reptiles
Las poblaciones de lagartija balear han desaparecido de las islas mayores de Mallorca y Menorca, pero sigue viviendo en Cabrera y en pequeños islotes del archipiélago, donde existen varias; subespecies diferentes como resultado del aislamiento.
En las Islas Chafarinas los reptiles están bien representados, con 12 especies de las que algunas son endémicas, como el eslizón de Chafarinas.
Avifauna
La avifauna de Cabrera es muy notoria. Unas 24 especies nidifican en el archipiélago , de entre las que destacan las colonias de aves marinas, de cormorán moñudo, paiño, pardela cenicienta y pardela balear.
En Cabo Pinar (Mallorca) los acantilados acogen avifauna de interés, destacando una importante población reproductora de cormorán moñudo, de la subespecie mediterránea (Phalacrocorax aristotelis ssp. desmarestii), y 1 o 2 parejas de águila pescadora (Pandion haliaetus) y de halcón peregrino (Falco peregrinus).
El Campos de Tiro de San Gregorio (Aragón), en el valle del Ebro, es un área esteparia de gran importancia para algunas especies muy escasas en Europa, como aguilucho cenizo (Circus pygargus), sisón (Tetrax tetrax), ganga (Pterocles alchata), ortega (Pterocles orientalis) y alcaraván (Burhinus oedicnemus). Destaca sobre todo la alta densidad de la alondra ricotí (Chersophilus duponti), una reliquia de las estepas africanas y asiáticas que tiene en este área militar uno de sus principales refugios europeos.
En el Campo de Maniobras de Pajara (isla de Fuerteventura) la avutarda hubara. (Chlamydotis undulata fuertaventurae ) tiene aquí uno de sus últimos refugios en el archipiélago. Es una especie amenazada de extinción que viene recuperando sus poblaciones gracias a importantes esfuerzos de gestión tras su catalogación como protegida.
La avifauna más notable del campo de Pájara la conforman las aves esteparias, que en esta isla alcanzan su mayor representación. Gangas (Pterocles orientalis), engañas (Cursorius cursor), pájaros moro (Bucanetes githagineus amantum) o la tarabilla canaria (Saxicola dacotiae). También cabe destacar que el LIC marino Cueva de Lobos, cuya parte terrestre es propiedad de Defensa, fue establecido como área de posible reintroducción de la foca monje (Monachus monachus).
Las chafarinas albergan una importante colonia de reproducción de gaviota piquirroja, corsa o de Audouin, especie en peligro de extinción, que, junto con la del Delta del Ebro, son los núcleos reproductor más importante en todo el mundo.
Cenicienta incubando en la isla de Congreso. El tipo de nidos que hacen, auténticas cuevas de hasta un metro de profundidad aprovechando oquedades entre las rocas de los acantilados, refuerza la necesidad de reducir todo lo posible la incidencia de las ratas sobre huevos, pollos y adultos, para lo cual regularmente cada año se procede a la desratización de las islas de Congreso y Rey.
Fauna Marina
En el medio marino varias especies de corales. Estudios sobre el medio marino realizados en las islas concluyen que existen más de 26 especies de equinodermos,150 anélidos y más de 60 peces.
Entre los invertebrados marinos de Chafarinas hay que destacar la presencia de Patella ferruginea, molusco mediterráneo muy amenazado protegido a nivel internacional.
También se han producido avistamientos de tortuga boba, zifios, cachalote y orca, entre otros.
Las Chafarinas parecen ser, por el momento, las únicas costas españolas donde la población de esta lapa, amenazada por los excesivos esfuerzos de recolección, aparece en buen estado de conservación.