El núcleo inicial de lo que hoy se denomina Centro Militar de Veterinaria de la Defensa, tuvo su nacimiento en el año 1.904, al crearse en el Instituto de Higiene Militar la Sección de Veterinaria, asignándole ya las misiones de estudio y resolución de problemas patológicos del ganado y de la higiene veterinaria. Igualmente en dicha Sección, los veterinarios militares ingresados realizan prácticas, por lo cual tenía también la misión docente.
En el año 1.906, en la Sección comenzaron a desarrollarse cursos de ampliación de estudios para miembros del Cuerpo, que indudablemente sería el embrión de los actuales cursos de diplomados.
En 1.932, fue disuelto el Instituto de Higiene Militar e integrado en el Establecimiento Central de Sanidad. Motivada por estas reformas, la Sección de Veterinaria vio incrementadas sus misiones, al crearse nuevos servicios, como la producción de suero antitetánico, maleína bruta, suero equino, etc.
En 1.937, durante la Guerra Civil, funcionó en la ciudad de Valladolid la Sección de Veterinaria del Laboratorio Central de Sanidad, en el que se verificaron estudios y trabajos para la lucha urgente contra epizootias del ganado militar, para lo que se disponía de un laboratorio ambulante.
El Servicio Veterinario en 1.938, estaba organizado en tres Agrupaciones con cabeceras en las ciudades de Valladolid, Zaragoza y Sevilla, cada una con un laboratorio y parque. El primer organismo veterinario militar creado con carácter central fue el Parque, a petición de la Inspección General de Sanidad, quien solicitó en el año 1.938 un Parque Central de Veterinaria, con tres Depósitos para los Ejércitos del Centro, Norte y Sur. Fue ubicado en Valladolid.
En 1.939, a solicitud de la Inspección General Veterinaria, quedó constituido el Laboratorio Central de Veterinaria Militar, en unas instalaciones de laboratorio existentes en Barcelona y dependientes del Ejército Republicano, que durante la guerra se dedicó a la preparación de productos biológicos (sueros y vacunas) para el ganado militar de aquella zona.

Al terminarse la guerra, la Junta de Conservación, Transformación o Disolución de Centros, ordenó fuese disuelto este Laboratorio y su material se depositara en el Grupo de Veterinaria nº 1 (Madrid). No obstante, la Inspección General de Veterinaria solicitó y consiguió que dicho Laboratorio Central continuase su existencia y su actividad en el Instituto de Biología Animal.
El Laboratorio y Parque Central de Veterinaria Militar no tiene una orden expresa de creación publicada en el Diario Oficial. Surgió como una necesidad sentida durante la Guerra Civil, y el primer testimonio de su existencia legal (ya que la efectiva,como se ha expuesto, trataba de varios años atrás), son las plantillas del Ministerio del Ejército del año 1.940 en la que se determinan entre otras la de este Centro.
Por Orden del 18 de Abril de 1.940, se funden el Laboratorio y el Parque en un solo organismo con el nombre actual, del Laboratorio y Parque Central de Veterinaria Militar. Se le situó en Valladolid y le fue asignada oficialmente plantilla de personal. Fue autorizado su traslado a Madrid con fecha 16-XII-1.940, aunque no pudo verificarse hasta 1.942 por carecer de local adecuado, instalándose en la calle Núñez de Balboa, 72.
En 1.943 se le encomienda la labor docente de formación de diplomados del Cuerpo, siendo convocado por Orden de 8 de Octubre de 1.943 el primer concurso-oposición para diplomados en Bacteriología Veterinaria e Higiene Pecuaria y Bromatológica (2 años de duración). Posteriormente por Orden de 16 de Agosto de 1.946 (D.O. nº 187), se subdivide el Diploma en dos Especialidades (1 año de duración).
En 1.952 comienzan a realizarse en el Centro los Cursos de aptitud para el ascenso a Jefe de la Escala Activa, convocados por Orden de 8 de febrero de 1.952 (D.O. nº 35) y 11 de Febrero de 1.952 (D.O. nº 38), y posteriormente los de aptitud para el ascenso a Capitán de la Escala de Complemento y cursillos de reciclaje para diplomados.
En 1.961 fue trasladado a su asentamiento provisional, en Carabanchel (Academia de Sanidad Militar, actualmente Escuela Militar de Sanidad), a excepción del Parque, situado en la calle Invencibles, 6.
En 1.978 se crea la Oficina de Normalización Militar nº 32, ubicada en este Centro.
En 1.981 fue creada la Sección de Investigación y Doctrina.
Los locales que ocupaba el Centro en la Academia de Sanidad con carácter provisional, en un principio satisfacían las necesidades mínimas para el desarrollo de las actividades encomendadas, pero el tiempo transcurre, el desarrollo tecnológico incide en sus actividades y la adaptación progresiva de las instalaciones a las nuevas necesidades desemboca en una angustiosa falta de espacio, circunstancia que, reconocida por el Mando, dio origen a la construcción de unas instalaciones que albergasen el Laboratorio y Parque conjuntamente, y a la vez satisficieran no sólo las necesidades actuales, sino las futuras previsibles.
La entrega de estas nuevas instalaciones, ubicadas en la calle Darío Gazapo, núm. 3 (Campamento), se inicia en el mes de mayo de 1.983, con el Parque, almacenes y dormitorios de tropa, finalizando el traslado definitivo de dependencias generales y laboratorios, a finales de marzo de 1.986 y en diciembre de este mismo año se procede a la inauguración oficial del nuevo conjunto.
Estas instalaciones son un impulso para la actividad del Centro en todas sus áreas y estimulan la organización de coloquios, seminarios, comisiones de estudio, mesas redondas, conferencias y otras actividades.
En enero de 1.987 comienza a desarrollarse el I Ciclo de Conferencias que, con una cadencia mensual, tratan temas actuales para la profesión veterinaria, impartidos por personal civil o militar idóneo y con la asistencia de veterinarios civiles y militares. En junio de ese año se celebra el I Seminario sobre Anestesia del Caballo. Se inician así una serie de actividades dirigidas al perfeccionamiento de los Cuadros de Mando, tanto del Centro como del Cuerpo de Veterinaria Militar, para ir acomodando sus conocimientos a la evolución científica.
En este mismo año, con motivo de la nueva organización de la enseñanza militar, se imparte el último Curso de Aptitud para el Ascenso a Jefe de la Escala Activa del Cuerpo de Veterinaria, que en lo sucesivo se desarrollarán en la Academia de Asistencia Sanitaria, no así los de Perfeccionamiento en las distintas ramas y especialidades de la veterinaria, que continúan desarrollándose bajo la dirección de este Centro.
En el año 1.988, cuando se cumplen 50 años del nacimiento del embrión que dio origen a este órgano central de apoyo logístico, la Norma N-4/88 EME (5ª División), sobre Organización del Apoyo a la Fuerza Terrestre, crea el Centro Militar de Veterinaria, en el que se integra el Laboratorio y Parque Central de Veterinaria Militar, e incluye en su orgánica una Sección de Cría y Adiestramiento de Perros (SECAP), y una Clínica de Ganado.
La nueva SECAP nutre parte de su plantilla con la procedente del Centro de Cría y Adiestramiento de Perros, disgregado de la Agrupación de Tropas de Veterinaria de la Reserva General que, con la nueva organización del Apoyo a la Fuerza, se desintegra (el CECAP había sido creado por resolución de la División de Logística del EME, de fecha 19 de febrero de 1.982). Dotado de material y medios, entra en funcionamiento en mayo de 1.983. Del 24 de abril al 10 de julio de 1.984 desarrolla con carácter experimental un curso de "Defensa, Ataque y Rastreo" para suboficiales de la 1ª R.M., impartiéndose a nivel nacional durante años posteriores. Desde 1.987 imparte también cursos en las especialidades de "Detectores de Drogas y Estupefacientes". La Norma 4/88 EME señala la zona de Retamares (Pozuelo de Alarcón) para la ubicación de esta Sección, pero hasta la asignación de los terrenos y construcción de las instalaciones adecuadas, continúa en las del Acuartelamiento "General Arteaga", que no son idóneas por falta de espacio y lugar de emplazamiento. En la actualidad existe un ADNE para su traslado a Colmenar Viejo.
Con motivo de la conmemoración del 50 aniversario del Centro, durante los días 16, 17 y 18 de octubre de 1.988 se celebran las I Jornadas Científicas de Veterinaria Militar, estableciéndose el premio Cincuentenario para estimular y premiar la labor científica de los Jefes y Oficiales del Cuerpo de Veterinaria Militar. Ante la buena acogida de asistencia y el nivel científico, el Comité Organizador, en sus conclusiones finales, somete a la aprobación de la superioridad tres propuestas:
La Jefatura del MASAL, con fecha 12 de diciembre, da su conformidad a las propuestas 1 y 2, trasladando la 3 al JEME para que considere la conveniencia de elevarla a la Subsecretaría del Ministerio de Defensa.
En 1.989, convocados por la Dirección de Enseñanza, comienzan a desarrollarse Cursos de Perfeccionamiento para Suboficiales Especialistas Auxiliares de Veterinaria. Del 2 de enero al 10 de marzo se imparten los primeros cursos de Auxiliar deLaboratorio, Auxiliar de Medicina Preventiva Veterinaria y Auxiliar de Clínica Veterinaria, en dos fases, una de correspondencia, de un mes de duración, y tras una prueba previa, la fase de presente con una duración de cuatro semanas.
Por Orden 220/1.997 de 12 de Noviembre de 1.997 (BOD. nº 229), por la que se desarrolla la estructura del Cuartel General del Ejército, la Fuerza y el Apoyo a la Fuerza y la organización territorial en el Ejército de Tierra, pasa a depender de la Dirección de Sanidad del Mando de Personal del Ejército de Tierra.
Por Orden Ministerial nº 147/2002, de 27 de junio, por la que se regula la estructura de la Red Sanitaria Militar, incluye en dicha red al centro Militar de Veterinaria de la Defensa. Por instrucción nº 152/2002 de 3 de julio (BOD. nº 136), del Subsecretario de Defensa por la que se regula el Centro Militar de Veterinaria de la Defensa, se integra en la Subsecretaría de Defensa bajo la dependencia orgánica de la Inspección General de Sanidad.
Por Instrucción nº 5/2003 de 24 de enero del Subsecretario de Defensa por la que asignan funciones y cometidos en el ámbito de la Inspección General de Sanidad y se describe su estructura orgánica, el Centro Militar de Veterinaria de la Defensa pasa a depender orgánicamente de la Jefatura de Apoyo Veterinario.