El Ministerio de Defensa mantiene convenios de colaboración para el uso compartido de los hospitales militares con las comunidades autónomas de Madrid, Aragón, Valencia, Andalucía y Murcia. Además hay acuerdos con el Ministerio de Sanidad para los de Ceuta y Melilla, ya que estas dos ciudades autónomas no tienen transferidas las competencias en materia de sanidad.
El último convenio se firmó el pasado 19 de julio con el Servicio Andaluz de Salud para el uso del Hospital de San Carlos por pacientes civiles. De esta forma el hospital deja de tener uso exclusivo militar y está previsto que esta semana ya podrá atender en sus consultas a pacientes andaluces.
Actualmente, Defensa negocia con la Xunta de Galicia para el uso compartido del Hospital Básico de la Defensa de Ferrol.
Tras la reforma de la Sanidad Militar, Defensa mantiene seis hospitales distribuidos por el territorio nacional y clínicas militares en Ceuta y Melilla.